翅（羽）があって空中を飛ぶのであればキノコバエ等をはじめとするコバエ類が考えられるかと思います。キノコバエは観葉植物に発生しやすいコバエの一種です。

基本的には梅雨時期に産卵・孵化・繁殖しやすく、夏に一旦おさまり、また秋に発生が増えます。あたたかい室内ではキノコバエが一年中発生してしまう場合もあるでしょう。

鉢の大きさにもよりますが、ひとまわり大きな鉢に水をためて、その中に鉢ごといれて水につけておくと土の中にいるキノコバエの幼虫を退治できます。
キノコバエは土の上に卵を産むので、表面の2～3cmの土を落として新しい土を足してあげるのもおすすめです。

キノコバエが大好きな緑色に誘引され、歩いて移動する性質を利用した粘着剤もご検討ください。